O dată salvate configurările aplicației, programarea ulterioară a plăcii pentru proiectul curent se face cu procesul "Configure Target Device" din Xilinx. Configurația curentă a plăcii poate fi ștearsă apăsând butonul "PROG" de pe placă. Va trebui să urmăriți aprinderea LED-ului de programare a plăcii (portocaliu) pentru a știi când placa a fost reprogramată, deoarece aplicația nu oferă nici un fel indicator în acest sens.